１.ファイル（PDF/Word/Excel）を既存システムから出力し、Agathaへマニュアル（手動）アップロードできますか。

可能です。なお、複数件アップロードも可能です《無償》。

2.既存システムからCSVファイルを用意し、Agathaへアップロードしてワークスペースへ反映することはできますか。

現在サポートしておりません。

3.データマッピングは可能ですか。

可能です。データだけでなく、データとファイル(PDF/Word/Excel)を一緒にアップロードすることも可能です。

《有償》マッピング項目数及び件数によります。